Nascido em Lisboa em 1963, licenciou-se em arquitectura na Faculdade de Arquitectura da Universidade Técnica de Lisboa em 1986. Em 1983, iniciou uma colaboração com Gonçalo Byrne e começou também a desenvolver projectos com o seu irmão Francisco Aires Mateus em 1988, constituindo o atelier Aires Mateus Arquitectos. Professor na Universidade Autónoma de Lisboa desde 1998 e na Universidade Lusíada desde 1997, foi também professor convidado na Graduate School of Design da Harvard University, EUA, entre 2002 e 2005; na Fakulteta za Arhitekturo, Universa v Ljubljani, Ljubljana, Eslovénia em 2003/2004 tem leccionado na Accademia di Architectura, de Mendrízio na Suíça desde 2001. Tem participado em diversos seminários e conferências em diferentes países.

O trabalho de Manuel Aires Mateus tem sido distinguido com importantes prémios, como Enor 2006; Contractworld 2007; II Bienal Ibero Americana de Arquitetura; o Luigi Cosenza Prize; o Prémio de Arquitectura e Urbanismo da cidade de Aveiro e o Prémio Valmor 2002. Aires Mateus Arquitectos foram convidados a expor o seu trabalho na Bienal de Arquitectura de Veneza, por Kazuyo Sejima em 2010, apresentando Voids, e por David Chipperfield em 2012, realizando a intervenção Radix no Arsenale.